Service Système d'Information Le service Système d'Information veille à la bonne gestion des données d’observation de l'OSU OREME.

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Le service Système d'Information veille à la bonne gestion des données d’observation de l'OSU OREME.

Missions

Le service Système d’Information de l’OREME a pour objectifs :

  • la pérennisation des données de l’Observatoire :
    • Stockage, sauvegarde, archivage
    • Structuration et description
  • la valorisation des données de l’Observatoire :
    • Diffusion
    • Catalogage
    • Référencement
  • la qualité des données :
    • Outils de saisie, d'aide à la saisie
    • Validation, surveillance ..
  • le croisement des données
    • avec des bases de données nationales et internationales
    • avec des outils et applications métier

Compétences

  • Conception et développement de bases de données environnementales spatiales
    • Technologies : PostgreSQL / PostGIS, MySQL
  • Conception et développement de portails web et d’outils de gestion et de diffusion de données environnementales
    • Technologies : PHP / CodeIgniter, JavaScript, EzPublish
  • Conception et développement d’outils cartographiques sur le web (webmapping)
    • Technologies : Geoserver, OpenLayers, GeoExt
  • Manipulation et traitement de données :
    • Technologies : R, Perl
  • Interopérabilité des données et métadonnées :
    • Technologies : Standards de l’OGC (WFS/WMS, SWE, ...), ISO19115, standards métiers (WoRMS, BD Carthage, …), thésaurus (GEMET, …)
  • Catalogage et référencement de données :
    • Technologies : Geonetwork, Metacat, DOI, ...
  • Administration de serveurs et du stockage
    • Technologies : SUSE / Xen, SAN, ...

Services proposés aux laboratoires

Les compétences ci-dessus sont mises au service des laboratoires et le service Système d’Information peut venir en support pour :

  • la constitution, la structuration, l’hébergement et la maintenance de bases de données
  • le développement de nouveaux outils ou la ré-utilisation d’outils pour la diffusion et la visualisation de données numériques, cartographiques ou multimédia
  • le référencement de données : catalogage et attribution de DOI
  • le développement de sites web de type "projet"

Dans chacun des cas, selon l’importance du travail à réaliser et des moyens propres au service, cette aide pourra se traduire soit par une prise en charge directe, soit par de l’encadrement de personnels (CDD, stagiaire) dédiés à la mission (la participation du service au recrutement est alors vivement conseillée).

Réalisations et activités

Participation à la mise en place d’un SAN (Storage Access Network) mutualisé

L’OREME a participé à la mise en œuvre d’un SAN (Storage Access Network) dont l’objectif est de permettre le stockage pérenne de gros volumes de données accessibles via la fibre optique depuis différents laboratoires. L’Observatoire y a contribué par l’achat de matériel, de logiciels et de licences logicielles et par la gestion d’éléments physiques du SAN. Cette gestion repose en partie sur l’expertise et la disponibilité du personnel ASR de Géosciences Montpellier.

Ce SAN est aujourd’hui partagé par l’OREME et les laboratoires CEFE et GM. Il est composé d’un ensemble de baies de stockage configurées en RAID, de robots de sauvegarde et d’une interconnexion en fibre optique. L’espace de stockage constitué des disques présents dans les baies est accessible (en fibre optique) par des serveurs de gestion de données et de système de fichiers (bases de données, ftp, nfs, …) et par les serveurs de gestion des sauvegardes.

Cet espace de stockage partagé contient des données d’observation (relatives à l’observatoire) et des données propres aux laboratoires CEFE et GM (comptes utilisateurs, ftp, comptes projets, …). Concernant les données d’observation, la logique est que l’observatoire fournit l’infrastructure de stockage et de sauvegarde et les Systèmes d’Observation fournissent les disques. Néanmoins, ce schéma n’a de sens que pour des gros volumes de données, et le coût du stockage de petites bases (< 100 Go) est directement pris en charge par l’observatoire.

Mise en place d’un ensemble de serveurs pour héberger les services applicatifs de l’Observatoire

L’Observatoire met en place un ensemble de services de gestion des données. Il administre notamment :

  • un serveur de machines virtuelles (sous SUSE / Xen) permettant de créer les services ci-après et assurant la sauvegarde des données propres à l’Observatoire ;
  • un système de gestion de bases de données relationnelles PostgreSQL (qui prend en charge une partie des bases de données de l’Observatoire) ;
  • un serveur web destiné à accueillir les différents portails de l’Observatoire ;
  • un serveur cartographique WMS/WFS et CSW destiné à exporter les données spatialisées et les métadonnées dans le respect de la Directive INSPIRE, des normes ISO 191xx et des standards OGC (Open Geospatial Consortium) ;
  • un serveur destiné à accueillir l’infrastructure de développement (gestionnaire de version, compilateurs, langages, …) des services et outils développés au sein de l’Observatoire

Développement de portails web

Le service a réalisé le développement de 2 portails de l’OSU OREME :

  • le portail institutionnel (www.oreme.org) basé sur le système de gestion de contenu eZ Publish. La mise en oeuvre et la refonte graphique ont été principalement réalisées par du personnel en CDD (Julien Huon). Il s’agit d’un site informationnel qui présente l’observatoire et ses services associés et décrit les services et tâches d’observation ;
  • le portail des données (data.oreme.org) basé sur le framework CodeIgniter dont le rôle est de présenter et mettre à disposition les données d’observation.

Constitution de bases de données

Le choix des bases de données prises en charge est actuellement effectué au sein du service Systèmes d’Information. Il repose sur la combinaison d’un ensemble de critères tels que la mutualisation des efforts (ré-utilisabilité des développements), les retombées pour l’Observatoire notamment en terme de visibilité, le soutien propre en développement dont disposent les SO / TO, la motivation du SO / TO quant à la diffusion de ses données et l’intérêt technique (développement de nouveaux outils ou compétences).

Bases de données de SO / TO prises en charge par le service en 2016 :

  • SO Communautés microbiennes :
    • TO Communautés microbiennes de Thau
  • SO EVOPOP :
    • TO Biodiversité, structuration et perturbation des populations de truites communes (Salmo trutta) françaises du sud
    • TO Evolution spatio-temporelle des gènes de résistance aux insecticides du moustique Culex pipiens en région Méditerranéenne
  • SO POLLUMINE :
    • TO Observatoire de l'ancien site minier de Carnoulès
  • SO Littoral et Trait de Côte  :
    • TO SOLLAR
    • TO MAG-OBS
    • Données de vent de Météo-France (dans le cadre d’une convention entre le SO Littoral et Trait de Côte et Météo-France)
  • SNO H+ :
    • TO Observatoire GEK (Géodésie en Environnement Karstique)
    • TO Hydrogéophysique en forages
  • SO Observer les crues, l'hydrodynamique souterraine et les variations physico-chimiques des écoulements en milieu karstique :
    • TO Observatoire de la dynamique des gaz dissous dans les eaux souterraines en milieu karstique
  •  SO Recherche en Environnement Côtier de Thau

Le service prend également en charge pour les laboratoires des bases de données n’étant pas inclues dans des SO / TO :

  • HSM : Données d’hydrologie et de météorologie
  • ISEM : Collection de pollens
  • MARBEC :
    • Banque de photos d’organismes phytoplanctoniques
    • Données historiques à la Station Marine OSU OREME - Université de Montpellier à Sète

Développement d’outils mutualisables de gestion et diffusion de données

Différents outils autour de la donnée sont développés avec une perspective de réutilisation, permettant ainsi la mutualisation des moyens :

  • visualisation dynamiques et interactives de séries temporelles, visualisations R sur le web
  • visualisation de données cartographiques sur le web
  • import / export de données
  • alimentation de portails de données et métadonnées nationaux
  • gestion des métadonnées sur le web
  • aide à la saisie
  • surveillance / alerte
  • attribution de DOI
  • ...

Constitution de listes de diffusion

Le service gère un certain nombre de listes et peut créer sur demande des listes de diffusion (propres à une équipe, un Service d'Observation, une thématique, ...).

Organisation de séminaires et ateliers

Le service participe à l’organisation de séminaires et ateliers autour de la gestion de données : attribution de DOI, visualisation de données, etc (voir http://www.oreme.org/observatoire/animation/atelier-seminaire).

Participation à l’organisation et au comité de pilotage des séminaires SIST

Le séminaire Séries Interopérables et Systèmes de Traitement (SIST) regroupe les informaticiens des OSU et de manière plus générale les gestionnaires de données d’observation sur les thématiques liées à la gestion de données d’observation (http://sist15.sciencesconf.org/, http://sist16.sciencesconf.org/).

Contact

Olivier Lobry (IR, responsable du service et chef de projet) et Juliette Fabre (IE)

Bureau 220, bâtiment 22 (2ème étage gauche), Campus Triolet, Université de Montpellier

Tel : 04.67.14.40.41

Collaborations

Collaborations internes

Le service Système d’Information s’appuie sur un réseau métier au sein des différents laboratoires de l’OSU OREME :

  • la plateforme Systèmes d’Information en Ecologie : Marie-Claude Quidoz et Cyril Bernard
  • l’équipe d’Administrateurs Système et Réseau de GM : Josiane Tack, Fabrice Grosbeau et Stéphane Arnal
  • Laure Paradis, ingénieur géomatique à l'ISEM
  • Jean-François Boyer, responsable des Systèmes d’Information à HSM
  • Michèle Sanguillon, responsable des Systèmes d’Information au LUPM
  • Julien Barde, Norbert Billet et Julien Lebranchu, ingénieurs en Système d’Information de MARBEC

Collaboration nationales

Le service collabore également avec d’autres OSU : l’Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), l’Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), l’OSU de Rennes (OSUR), etc.

Il est membre fondateur et exécutif du réseau SIST qui rassemble notamment les personnels informatique des OSU. Il organise à ce titre la deuxième édition du séminaire SIST (automne 2016).

Enfin le service participe activement à la mise en place du laboratoire franco-libanais O-LIFE par le biais de conseil et encadrement. Il accompagne également un doctorant algérien dans le cadre du projet MEDYNA.