Truite commune [archivé]

La truite commune Salmo trutta n’est pas menacée en France, mais vu son intérêt économique, elle est depuis longtemps très manipulée par l’homme avec en particulier des souches domestiques déversées en grande quantité dans la nature.

L’espèce n’est pas menacée mais sa diversité oui.

De façon très schématique, la truite a été gérée de façon chaotique dans le passé (depuis 1850 !) et nous en retrouvons les traces. Actuellement la gestion est complexe :

• du haut vers le bas : l’ONEMA et ses gardes pêche transmettent les consignes de gestion du ministère de l’écologie, assurent la police de la pêche ;
• du bas vers le haut : les associations « loi 1901 » : plus de 4000 associations de pêche sont fédérées en Fédérations Départementales de Pêche (il y en a 93) elles mêmes fédérées en Fédération Nationale de la Pêche en France qui coordonne les actions. C’est la loi sur l’eau (LEMA) de 2006 qui reconnaît à la FNPF le caractère d’établissement d’utilité publique.

En France, comme un peu partout en Europe, les repeuplements ou alevinages consistent à déverser des millions d’alevins de truites domestiques (appartenant à une seule souche nord-atlantique commerciale) sans discernement sur les peuplements sauvages différenciés. C’est la principale menace. L’autre menace est la pêche, avec 1,4 millions de pratiquants (juste derrière le football et devant la chasse et le tennis).

Environ 50% des Fédérations Départementales de Pêche essaient d’appliquer la gestion patrimoniale de la truite : il faut d’une part démontrer la nécessité des repeuplements avant de les faire et d’autre part protéger la diversité régionale des populations en recherchant des alternatives à la souche commerciale atlantique unique.

Les populations de truites françaises sont suivies depuis 15 années du point de vue de leur composition génétique (marqueurs allozymiques jusqu’en 2000, microsatellites depuis 2000). Pour cette espèce soumise à des réintroductions massives, ce suivi permet d’apporter des informations essentielles de deux types :

1. décrire la biogéographie naturelle de la truite ; détecter les populations purement ancestrales et la perte de biodiversité génétique
2. déterminer le taux d’introgression par la souche domestique.

Ces données sont ensuite utilisées pour guider la gestion des truites dans les rivières.

Quatre à six locus microsatellites sont analysés chez 30 poissons par point d’analyse. Les données nationales sont périodiquement compilées pour en tirer une logique géographique globale et estimer les pertes de biodiversité (présence de truites domestiques participant à la reproduction).

Les grandes étapes de recherche

Les études génétiques de l’équipe de Montpellier (ISEM) ont commencé en 1990 (allozymes, surtout dans les Pyrénées).

• Entre 1991 et 2012, plus de 20 articles scientifiques ou de vulgarisation et plus de 110 rapports de contrat ont constitué le suivi des peuplements français.
• 2006-2009 : projet GENESALM financé par des organismes privés, le BRG et l’ONEMA : phylogéographie (microsatellites) nationale des truites
• 2009-présent : financement OSU OREME utilisé pour doubler ces études par un autre marqueur : la Dloop de l’ADN mitochondrial. L’intérêt ? ce marquer est moins polymorphe (détaillé) mais de valeur absolue (alors que les microsatellites sont des marqueurs relatifs). Ce deuxième type de marqueur consolide les résultats.
• 2012-2014 : projet GENETRUTTA financé par la FNPF : phylogéographie (microsatellites) nationale des truites.

Principaux résultats scientifiques

Le constat des études génétiques (objet du suivi OSU OREME) est que cette espèce est si sédentaire depuis les dernières glaciations qu’elle est composées dans certaines parties du territoire (surtout le versant méditerranéen) d’un patchwork de populations sédentaires différenciées.

Cette différenciation est proportionnelle à la durée d’isolement et nous avons donc toutes les situations possibles. C’est ce « cline » de situation qui pose problème : comment décider que tel niveau de différenciation définit une unité de conservation ? Comment décider qu’on peut ou pas déplacer des truites d’un lieu à l’autre dans un but de soutient de populations ?

Pour l’aide à la gestion, outre les multiples analyses locales, la carte de France des truites commence à être détaillée et fait déjà l’objet d’un article dans l’Atlas des Poissons d’Eau Douce de France.

La carte des stations d’échantillonnage de truites, les descriptions des stations et des études ainsi que les rapports d’études sont disponibles sur le portail des données de l’OSU OREME.